Program monitoringa Natura 2000 vrsta u rijeci Sutli predviđa istraživanje ihtiofaune na području Krapinsko-zagorske županije. Rijeka Sutla kao dio ekološke mreže Natura 2000 važna je za očuvanje sedam vrsta riba i jedne vrste školjke na temelju Direktive o staništima.

Prema Godišnjem programu rada te rezultata inventarizacije šišmiša na području KZŽ, Ustanova je započela monitoring šišmiša (Natura 2000 vrsta).